Kelurahan Pakuncen merupakan salah satu kelurahan dari tiga kelurahan di Kemantren Wirobrajan, Kota Yogyakarta. Kelurahan Pakuncen terletak di sebelah barat dari kawasan pusat Kota Yogyakarta, yang berbatasan dengan Kemantren Ngampilan di sebelah timur. Kelurahan Pakuncen terletak di utara Kelurahan Wirobrajan dan selatan Kemantren Tegalrejo. Di sebelah barat Kelurahan Pakuncen berbatasan langsung dengan Kalurahan Ngestiharjo, Kapanewon Kasihan, Kabupaten Bantul. Kelurahan Pakuncen merupakan salah satu gerbang masuk menuju Kota Yogyakarta dari sisi barat. Jarak Kelurahan Pakuncen menuju ke pusat Kota Yogyakarta adalah ±5,9 km. Sedangkan, Kelurahan Pakuncen menuju pusat Kemantren Wirobrajan adalah ±2,3 km.

Kelurahan Pakuncen dialiri Sungai Winongo di sebelah timur, sekaligus merupakan batas wilayah alami dengan Kemantren Ngampilan. Wilayah Kelurahan Pakuncen yang berbatasan langsung dengan sungai ini memiliki tingkat kemiringan lereng yang curam.

Kelurahan Pakuncen miliki wilayah seluas 1,76 km2. Menurut Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 72 Tahun 2018 Tentang Pedoman Pembentukan Kepengurusan Kampung, di Kelurahan Pakuncen terbagi menjadi 4 kampung yaitu Kampung Tegalmulyo (RW 01, RW 02 dan RW 03), Kampung Kuncen (RW 04, RW 05, RW 06, RW 07 dan RW 08), Kampung Gampingan (RW 09, RW 10 dan RW 11) dan Kampung Singosaren (RW 12). Selain terbagi dalam 4 kampung, Kelurahan Pakuncen terbagi dalam 12 RW dan 56 RT. Dengan rangkuman sebagai berikut :

Sebelah Utara        : Kelurahan Tegalrejo, Kemantren Tegalrejo

Sebelah Selatan      : Kelurahan Wirobrajan, Kemantren Wirobrajan

Sebelah Timur        : Kelurahan Ngampilan, Kemantren Ngampilan

Sebelah Barat         : Kelurahan Ngestiharjo, Kapanewon Kasihan

Luas Wilayah         : 64.9333 Ha (1,76 km2)

Rukun Tetangga    : 56 RT

Rukun Warga         : 12 RW

Kampung               :  4 Kampung (Tegalmulyo, Kuncen, Gampingan, Singosaren)