Terletak di Dusun Kuncen, Kelurahan Pakuncen, Kecamatan Wirobrajan, Kota Yogyakarta. Masjid ini berada satu kompleks dengan pemakaman umum milik Pemkot Yogyakarta dan dimiliki sebagai aset Keraton Yogyakarta. Hingga saat ini belum ada keterangan yang secara jelas menginformasikan kapan waktu tepatnya masjid Kuncen dibangun.

Ukuran total Masjid Kuncen ialah memiliki luas 470 m², dengan ruang utama seluas 245 m². Pada sisi bagian timur laut masjid ini berdiri bangunan SD Muhamadiyah 2 Wirobrajan, Yoguakarta, yang telah ada sejak tahun 1968.

Berdasarkan tradisi lisan turun temurun sesepuh Dusun Kuncen, Masjid Kuncen ini merupakan salah satu Masjid kagungan Ndalem Kraton Yogyakarta. Masjid Kuncen konon dibangun hampir bersamaan dengan masa pembangunan Masjid Tawangsari, sebuah masjid di wilayah Nanggulan, Kulonprogo serta Masjid Gedhe di Kraton Yogyakarta. Bila kesaksian lisan tersebut benar, maka dapat diprediksi Masjid Kuncen ini dibangun pada tahun 1800-an atau pada akhir abad ke-19 Masehi.

Seperti masjid keraton pada umumnya, yang selalu melibatkan peran perawatan masyarakat sekitar, pun keberadaan Masjid Kuncen tidak terbebas dari eksistensi masyarakat Pakuncen. Salah satu abdi dalem yang dimakamkan di pemakaman Kuncen Lawas yang berada di sebelah Masjid Kuncen, dipercaya sebagai tokoh cikal bakal di Pakuncen namanya Nyai Ageng Derpoyudo. Menurut cerita masyarakat Pakuncen, Nyai Ageng Derpoyudo merupakan bibi dari Panembahan Senopati, Sutawijaya, pendiri Kerajaan Islam Mataram.

Pada Agresi militer Belanda II, Masjid Kuncen dijadikan basis perlindungan bagi warga yang berada di sekeliling area masjid, bahkan sempat ada salah satu pengungsi warga yang tertembak di dalam masjid sewaktu berlindung dari serangan tentara Belanda. Selain itu di pemakaman Pakuncen juga dimakamkan pahlawan nasional yakni makam Abdurrahman Sholeh, seorang pilot penerbang jenis evakuatif DC III yang ditembak jatuh tentara Belanda sewaktu mengangkut obat-obatan dari India. sekarang makam Abdurrahman Sholeh telah dipindahkan oleh pihak keturunan Abdurrahman Sholeh.

Sejarah Penamaan

Bisa dikatakan nama Masjid Kuncen merupakan identifikasi dari nama Dusun Pakuncen sendiri. Kemelekatan nama wilayah dengan sebuah bangunan bersejarah adalah fenomena yang wajar dan termasuk bagian dari studi toponimi. Akan tetapi, Masjid Kuncen memiliki dinamika penamaan yang agak berbeda dibandingkan masjid-masjid lawas Yogyakarta lainnya.

Dahulu ada salah satu tokoh agama bernama Imam Suja' yang memberi usul agar nama masjid diganti dengan nama Masjid Sulton II. Usul Imam Suja didasarkan pada sejarah berdirinya masjid yang merupakan milik kraton dan juga dikarenakan terdapat hubungan anyata masjid Kuncen dengan masjid Sulthon. Mengingat nama masjid di Tawangsari dinamai Sulthon, sehingga Imam Suja merasa perlu untuk mengidentifikasi Masjid Kuncen sebagai Masjid Sulthon II. Akan tetapi usulan tersebut tidak mendapat persetujuan dari tokoh agama di Pakuncen pada waktu itu, dengan alasan agar nama Dusun Kuncen tetap dikenang oleh masyarakat luas, salah satu caranya yakni dengan mengabdikannya menjadi nama masjid tersebut.

Bangunan yang berada di Kota Yogyakarta, hampir seluruhnya menyimpan cerita sejarah tersendiri sebagai saksi peradaban Yogyakarta ataupun perjuangan kemerdekaan Indonesia di masa lampau. Bangunan bersejarah tersebut ada yang masih digunakan sesuai fungsinya hingga saat ini, bahkan dibangun tempat-tempat publik lain di sekelilingnya untuk menghidupkan suasana. Salah satu contohnya adalah Masjid Kuncen yang terletak di Dusun Kuncen, Kelurahan Pakuncen, Kecamatan Wirobrajan, Kota Yogyakarta.

Masjid Kuncen diperkirakan sudah berdiri pada tahun 1800 bersamaan dengan masjid kuno Yogyakarta lainnya yakni Masjid Gedhe Kauman. Terdapat komplek makam di belakang Masjid Kuncen yang di dalamnya terdapat makam dari abdi dalem Keraton Yogyakarta yakni Nyi Ageng Derpoyudo, dan pahlawan nasional seperti  H.O.S Cokroaminoto, Muso, R.M Kartosuwiryo dan Fachruddin. Selain itu, di komplek Masjid Kuncen juga terdapat SD Muhammadiyah 2 Wirobrajan, yang membuat suasana masjid dengan arsitektur keraton ini lebih hidup karena ada aktivitas warga di sekelilingnya.

Menurut warga Dusun Kuncen, nama masjid diambil dari nama dusun dengan tujuan mengenang adanya sejarah perjuangan kemerdekaan di daerah tersebut. Selain karena bangunan Masjid Kuncen adalah milik Keraton Yogyakarta, masjid ini juga merupakan tempat perlindungan warga dari serangan penjajah pada masa perjuangan kemerdekaan. Warga Dusun Kuncen bekerja sama untuk merawat dan melestarikan bangunan masjid milik Keraton Yogyakarta ini dengan tetap mempertahankan bentuk asli Soko Guru atau tiang penyangga di ruang tengah masjid, Mustaka atau Kubah masjid dan juga penggunaan bedug serta kentongan untuk penanda masuknya waktu sholat. 

Penggunaan Masjid Kuncen di era modern ini tetap menjadi tempat beribadah warga dan acara keagamaan seperti pengajian dan bakti sosial yang datang dari berbagai lembaga. Pada waktu tertentu menurut warga Dusun Kuncen, masjid ini juga dikunjungi oleh wisatawan yang datang ke Kota Yogyakarta dan senang akan bangunan bersejarah Keraton Yogyakarta. Bagi wisatawan maupun warga, kunjungan ke Masjid Kuncen dapat memberi pengalaman religi sekaligus wisata sejarah karena bangunan dan ornamen masjid yang indah serta suasananya yang sejuk karena beratap rendah dan memiliki selasar.